O clima do Deserto de Atacama é extremamente seco com temperaturas moderadas/frias na maior parte do tempo, devido a um índice pluviométrico médio anual de 1mm e às grandes altitudes. San Pedro de Atacama está a 2.407 metros sobre o nível do mar, e as excursões podem ser feitas acima dos 5.600 metros. As temperaturas variam de acordo com a estação do ano, elevação e horário do dia, com máximas de 32⁰C no auge do verão até -2⁰C em uma noite de inverno. O verão também traz um aumento da umidade, com chuvas não sendo raras nesta época do ano.