O clima em Chiloé é temperamental – em um dia você pode ser abençoado com o sol glorioso, enquanto o próximo pode trazer muito vento e chuva. O lado ocidental de Chiloé é voltado ao mar aberto, o que muitas vezes o torna mais frio e úmido; o lado oriental é um pouco mais protegido. As temperaturas são baixas, com média de 10° C, e as chuvas podem ocorrer durante todo o ano, sendo que o período mais úmido vai de maio a agosto – quando quase metade do total anual pode ser esperado de uma só vez.